1、用法不同:衷心祝福一般用在某件事已經發生或正在發生表達一種更好的期許。衷心祝願一般是指這個事情還沒有發生祝願希望他發生或者往好的方向發展。
2、出處不同:祝福出自冰心《寄小讀者·寫信代序》:“這些信的祝福使我相信我會很快康復起來”。祝願出自巴金《永遠向他學習》:“走出醫院的時候,我們衷心祝願郭老早日恢復健康”。