昆明市的平均海拔為1500~2800m。昆明市中心海拔約1891m。拱王山馬鬃嶺為昆明境內最高點,海拔4247.7m,金沙江與普渡河匯合處為昆明境內最低點,海拔746m。
海拔超過3000米的部分地區有高原反應,在昆明大部分地區都不會發生高原反應。高原反應是人體急速進入海拔3000米以上高原暴露於低壓低氧環境後產生的各種不適,是高原地區獨有的常見病。