麥蓋提縣有1個鎮、9個鄉(2021年統計數據)。
麥蓋提縣位於新疆維吾爾自治區西南部,塔里木盆地西部,喀喇崑崙山北麓,葉爾羌河下游和提孜那甫河下游。
麥蓋提縣域屬於葉爾羌河和提孜那甫河沖積扇形綠洲平原,地勢平坦,總的地形是自西南向東北傾斜,一般地面坡度為1/2500~1/3500。在靠近沙漠邊緣一帶,地勢起伏不平,荒地,沙丘交錯。在灌區內地形地貌相差不大,地形坡降比較平緩。