1、電泳主要用於電解質和帶有電荷的膠體;層析主要用於非電解質,如各種有機物。
2、層析是根據分子大小不同從而實現分離,所以它的分子篩效應是大分子進不去先出去,小分子後出去。而電泳是根據帶電分子在電場中受力不同以致移動速度不同從而實現分離,所以它的分子大小適中都可以進進入層析柱中的空隙。
3、層析靠蛋白質在固定相與流動性之間反覆分配實現分離,與溶解性有關;電泳與所帶電荷及分子形狀有關。