筆頭:馬克筆的筆頭一般是扁的,水彩筆的筆頭一般是圓的。
類型:馬克筆有水性和油性2種,水彩筆只有1種,即水性。
疊色:馬克筆能疊色,水彩筆不能疊色,馬克筆比水彩筆更容易上色。
產品:馬克筆大部分可以散賣,水彩筆則一般是12色、24色、36色的盒裝賣。