分居後不給户口本的處理方式是,當事人可持原户口簿和法院的判決書或調解書到當地公安派出所辦理分户或遷轉手續,當地公安派出所應依據法院的判決或調解書,按照分户、立户的規定予以辦理。
【法律依據】
根據《户口管理條例》第三條,户口登記工作,由各級公安機關主管。
城市和設有公安派出所的鎮,以公安派出所管轄區為户口管轄區;鄉和不設公安派出所的鎮,以鄉、鎮管轄區為户口管轄區。