菌羣失調是指機體某部位正常菌羣中各菌種間的比例發生較大幅度變化而超出正常範圍的狀態,由此產生的病症稱為菌羣失調症;菌羣交替症菌羣失調時,多引起二重感染或重疊感染,即在原發感染的治療中,發生了另一種新致病菌的感染。菌羣失調的發生多見於使用抗生素和慢性消耗性疾病等。