原告可以要求被告单位纪检部门调查被告的公房使用情况吗

视情况而定。因单位内部分配公房使用权而产生的纠纷，如果是单位职工对单位分房决定有意见的，不属法院受理范围，不能向法院起诉。如果是受配人（或其他原旧房内应一并迁出的同住亲属占住旧房）分得新房又无理占住旧房或非受配人以单位分配不合理为由而强占公房，被侵害人（包括单位和合法受配人）可以向法院提起诉讼。单位分配给职工住屋使用权并订有分房合同的，职工由于本人原因而离职、辞职，或被单位除名、开除的，单位根据合同要求收回公房使用权的，可以向法院提起民事诉讼。