股份制企業破產後進行清算的方式如下:
1、成立清算組;
2、破產企業的全面接管;
3、破產企業的財務審計;
4、破產財產的清理、清算;
5、制定破產財產分配方案;
6、制定破產清算報告。
根據《公司法》第一百九十條:公司被依法宣告破產的,依照有關企業破產的法律實施破產清算。