環境保護稅的徵收機關是汙染物排放地的稅務機關,納稅人繳納環境保護稅。環境保護主管部門將排汙單位的排汙許可、汙染物排放資料、環境違法和受行政處罰情況等環境保護相關資訊,定期交送稅務機關。稅務機關將納稅人的納稅申報、稅款入庫、減免稅額、欠繳稅款以及風險疑點等環境保護稅涉稅資訊,定期交送環境保護主管部門。