官網暫時沒有原生ROM提供,可能後續會推出。魅族Pro6搭載了基於Android 6、0深度定製的Flyme 5、2操作介面,很慶幸這版系統並沒有如當初PRO 5那樣,硬體釋出了之後還得等系統的適配,從5、1到5、2。還加入了3D Press壓感屏互動,從體驗來看,像應用商店、設定、日曆等大部分的系統應用都支援壓感屏縮略顯示。魅族在釋出會上宣稱已經適配了20多款第三方應用。